посмотри http://blitz-coder.narod.ru/text/hl2/hl2import.htm Я занимался этим года четыре назад и все позабыл. Там, в статье, написано все правильно, но плагины к Максу устарели. Можно воспользоваться программой Fragmotion. Она открывает MDL-файлы и сохраняет в X или OBJ.
В файле .fpe где-то в конце всё прописанно. anim0,1,2,3 и.т.д. с персами там всё сложно, они не расчитанны на, то чтобы у них была нестандартная анимация , но если ухитрится, то можно что-нибудь придумать.
Самое простое-открыть модель в Максе, прикрутить к ней скелет и наложить стандартную анимацию FPSC9. Более сложный способ- то, что предлагает Sman. В последнем случае надо переименовать все кости соответственно скелету FPSC9 и переписать ключи анимации в FPE-файле.